Primeiramente, sugiro que aguarde as contrarrazões da empresa vencedora.

Deixa eu ver se eu entendí, a segunda colocada alega que a administração não deve aceitar a proposta vencedora com o preço maior que os lances excluídos dela mesma sob pena de rejeitar a proposta e contratar com a segunda mais cara ainda? Não tem lógica isso, fere o Princípio da Razoabilidade. Notadamente a empresa fez os lances por descuido que seriam inexequíveis e, justamente por ter responsabilidade, pediu pra excluir antes que o tempo dos lances acabasse, acho justo e, se isso não fosse possível, o sistema não deveria permitir que você excluísse.

Veja bem, quando a modalidade é Pregão, a segunda não é obrigada a cobrir o preço da primeira, mas o pregoeiro tem direito legal de negociar o melhor preço possível. Todavia, ela não vai querer abaixar o preço dela. Estaria certo contratar mais caro ainda do que a justa proposta final da vencedora? 

A pergunta que não quer calar é: a segunda faria os preços da primeira que foram excluídos do sistema? Veja bem, mesmo que ela tivesse condições de fazer os preços que foram excluídos então por que ela não os fez dentro do tempo dos lances?